审计机关综合部门作为全面协调审计机关各项事务的部门，应负责审计机关保密工作的综合协调以及档案保管等具体保密工作。重点要抓好机要、档案、信访举报、计算机网络安全、信息安全、人事信息等方面的保密工作，同时对上传网络稿件的审核把关。这些工作常常涉及到几个处室，因此也要有明确的分工和责任，除了配备高素质的工作人员外，会计培训内容，还要不断加强工作规范和管理，中级会计培训，查找薄弱环节予以充实，发现空白点予以完善。使保密意识不断强化，保密措施不断完善，保密手段不断创新，保密效果不断提高。
审计机关应当健全保密工作领导体制，成立保密工作机构，由这个机构主要负责审计机关日常的保密工作。通过科学管理，不断提高保密管理的水平和层次，把保密工作管理纳入制度化、规范化、科学化的轨道，真正建立起保密管理的长效机制。
要不断完善保密管理制度。要对秘密文电、档案等涉密资料的借阅、保管、归档或销毁，对电子计算机的使用、维修以及办公室的保安等制定一整套专门的管理办法和制度规范。
加大对信息安全技术的研究和应用。审计机关在进行在信息化建设的过程中，应加大对信息安全的建设，会计培训，通过采取对涉密网络和非涉密网络实行物理隔绝、IP地址和机器物理地址绑定、身份识别技术、加密技术等手段，使电子信息的储存、处理、传送等更加安全，从而有效的防止保密资料的泄露。
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